Un mondo che finisce

Shinji entra in una fase introspettiva in cui mette in discussione i propri sentimenti e scopre che ha creato un'esistenza solitaria per se stesso; un mondo in cui lui solo può vivere. Asuka mette in dubbio le sue capacità e si rende conto che la sua più grande paura è quella di sentirsi inadeguata e sola. Rei ricerca nella sua coscienza la ragione della propria esistenza, mentre Misato affronta il suo rapporto con il padre e con Kaji. Tutti i personaggi si rendono conto che sono in qualche modo incompleti. Nel frattempo inizia il Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo, architettato da Gendō per fondere tutta l'umanità in una sola coscienza collettiva e riunirsi in questo modo a Yui.