Bugie e silenzi

Ryōji comincia ad intraprendere indagini personali riguardanti i segreti occultati dalla Nerv, dopo di che, assieme a Misato e Ritsuko, partecipa alla festa di nozze di una loro comune conoscente. Nel frattempo Rei e Shinji si trattengono a scuola dopo le lezioni per il loro turno di pulizie, mentre Asuka viene invitata da una compagna a partecipare ad un appuntamento al buio con un ragazzo. Shinji in seguito s'incontra con Gendō davanti alla tomba della madre per l'anniversario della sua morte e, dopo molto tempo, i due riescono a scambiare qualche parola assieme. Più tardi quella sera, Asuka propone a Shinji di baciarsi, ma la prima volta si rivela una delusione, con la ragazza che si precipita in bagno per sciacquarsi la bocca e Shinji che rischia di rimanere soffocato. Misato sorprende Ryōji a spiare di nascosto nei reparti segreti sotterranei della Nerv e gli punta una pistola contro. Egli le spiega quindi che è l'organizzazione a tenerle nascosti molti segreti e le mostra una stanza che contiene quello che entrambi scambiano per il primo Angelo Adam, crocifisso e trafitto con una lancia.