
Mentre rovista nella discarica di Zalem per ottenere parti utili, il cyber dottore Daisuke Ido incontra i resti di una donna cyborg, il cui cervello è ancora intatto. Ido la porta a casa e decide di rimetterla in sesto, trasferendola in un nuovo corpo di cyborg. Alita non ha memoria del suo passato, ma presto mostra notevoli capacità di combattimento. Inizia quindi a lavorare come cacciatrice di taglie, ed incontra un giovane di nome Yugo.