Natsume Takashi a la capacité de voir des esprits, qu'il a longtemps gardé secrète. Cependant, une fois qu'il hérite d'un livre étrange qui appartenait à sa grand-mère décédée, Reiko, il découvre la raison pour laquelle les esprits l'entourent.
Après avoir rendu à un yôkai son nom, Natsume se voit offrir les cendres d'un vieux cerisier. Ces dernières semblent avoir un effet particulier sur les poteries.
Natsume construit un parterre de fleurs pour Tôko, mais quelque chose semble le mettre en désordre chaque nuit.
Natsume rencontre d'étranges épouvantails qui se déplacent et murmurent un mot. Alors qu'il essaie d'en apprendre plus, il tombe par hasard sur l'une de ses connaissances.
Natsume et Kitamoto entrent dans une vieille librairie qui propose toutes sortes d'ouvrages d'occasion.
Natsume aperçoit à plusieurs reprises un dragon blanc qui ondule dans le ciel. Pendant ce temps, Petite moustache n'a pas le moral.
Un jour de pluie, Natsume s'abrite sous le toit d'une veille gare abandonnée et tombe sur une de ses connaissances.
Le grand frère de Taki est de retour chez elle. Seulement, il semble l'éviter, ce qui semble la troubler profondément…
Après avoir trouvé le doigt d'une poupée sur le sol de son école, Nishimura le rapporte chez lui. Le soir même, Natsume toque à sa fenêtre pour lui poser une question.
Alors que Natsume va cueillir des fruits avec Natori, il est témoin d'un fait étrange.
Natsume a enfin découvert l'identité de l'être qui cherche à entraver le rituel. Ce dernier lui raconte alors son passé, mais aussi pourquoi il en a après les Miharu…
Natsume part à la rencontre d'un yôkai qui souhaite peut-être récupérer son nom. Il apprend alors qu'il s'agit du tout premier à avoir passé un pacte avec Reiko.
Natsume trouve un origami dans son jardin. Il décide alors de veiller dessus pour voir s'il s'agit ou non d'un yôkai…