Sigue el viaje de un viajero en el tiempo desde el futuro post-apocalíptico que aparece en nuestros días a una misión para localizar y erradicar la fuente de una plaga mortal que eventualmente diezmará a la raza humana.
El conflicto final con el Ejército de los 12 Monos comienza cuando el Testigo regresa al Proyecto Splinter.
Los viajeros se encuentran cara a cara con fantasmas de su pasado cuando se encuentran maniobrando en torno a sus propias líneas de tiempo.
Cassie viaja en el tiempo para enfrentar a una Olivia más joven, mientras que Cole ayuda a Jennifer a encontrar el significado detrás de su visión primaria final.
El equipo Splinter retrocede en el tiempo hasta la frontera salvaje en busca de un arma para destruir al Testigo.
Una pista para romper el ciclo lleva a Cole y Cassie a la década de 1960.
El equipo se infiltra en una gala nazi para robar un artefacto conocido como "Die Glocke"; su operación se deshace cuando la resistencia francesa interfiere y llega un invitado inesperado.
Jones envía a Hannah a tiempo atrás para 2007 en una misión personal que podría ser la clave de todo.
Todo cambia cuando el equipo finalmente sube los escalones y toca la campana en la Edad Media.
El comienzo del fin se acerca cuando Cole y Cassie se embarcan en su misión final.
La batalla final contra los Testigos como el destino del tiempo y la humanidad pende de un hilo. Todas las piezas finalmente se unen para marcar el final del comienzo.
Cuando se pierde toda esperanza, Cole debe completar su ciclo para que su yo más joven llegue un día al final con la respuesta.