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Carter è ormai confermato nel suo ruolo di specializzando chirurgo: quando viene interpellato da Morgenstern su quanto abbia deciso per l'anno seguente, il giovane medico sceglie non senza rimpianto la squadra operativa opposta a quella di Benton. Intanto, proprio Peter ha un imbarazzante incontro in ascensore con Vucelich, da cui viene a sapere che il medico ha introdotto nella sua ricerca anche i pazienti con esito negativo. Greene appoggia la nomina a vice-primario di Kerry Weaver, convinto che poi lei lo ricambierà eleggendo Susan come capo degli assistenti. In realtà, la palma va ad un'altra dottoressa: arrabbiato, Mark affronta Kerry, che gli rivela la verità. È stata infatti la stessa Susan a rifiutare il titolo, non sentendosi ancora pronta per un incarico del genere dopo la partenza della piccola Suzie. Jeanie decide di sottoporsi al test HIV, dopo aver saputo della malattia del suo ex marito: la donna rivela a Benton il suo problema, convincendolo a fare le dovute analisi dopo la loro passata relazione. Carter, all'ultimo momento, decide di non partecipare alla propria festa di laurea, organizzata dai ricchissimi genitori, ma di fare compagnia ad una bambina in attesa di un trapianto di fegato. Doug viene a sapere che Karen ha sfruttato la sua ricetta per ordinare una massiccia dose di antidolorifici, e preso da mille dubbi la lascia. Carol invece non ha più pazienza per nessuno: si dimette dall'ospedale dopo tre casi di mancata assicurazione, e lascia Shep: dalla morte di Raul l'autista non è più lo stesso, e la donna non si vuole trovare nelle condizioni di mentire nuovamente per coprirlo. Nel finale, Carter trova Benton in attesa degli esiti del test, sconfortato e spaventato, e decide di specializzarsi con lui: il chirurgo, commosso, gli regala il primo camice della sua carriera, con la scritta "John Carter, M.D.".