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Les services secrets de la Navy apprennent que le terroriste d'Al-Qaida Kabir Atef, le frère de l'homme que Harm et Mac ont fait condamner pendant un tribunal militaire, prépare une attaque de missile sur la flotte américaine dans l'Océan Indien avec l'aide d'un commandant russe de sous marins connu. Pour éviter le désastre, Mac est envoyée sur le Seahawk, Harm est aux commandes d'un avion de chasse et Turner, un ancien sous marinier qui connaît les tactiques russes est envoyé à bord d'un des sous marins américains. Mais au tout dernier moment, ils apprennent que le missile est porteur d'une tête nucléaire.