Dopo aver superato le minacce di Acnologia e Zeref, Fairy Tail è più forte ed energico che mai! Natsu e compagni sono partiti per la quest dei 100 anni, e per loro e i membri rimasti alla gilda si preannunciano nuove avventure all'orizzonte!
Elefseria, il mago che ha creato l'intero sistema di gilde, è colui che assegna loro l'incarico, che consiste nell'eliminare cinque draghi di calibro divino.
Natsu e compagni raggiungono la città di Ermina, che a sorpresa si rivela una città principalmente sottomarina e abitata da pesci. Nominare il sacro drago genera un gran caos, perché i pesci del luogo lo venerano come un dio e intendono proteggerlo dagli intrusi.
Quando i Dragon Eater si ritirano temporaneamente, Natsu e compagni hanno modo di conoscere davvero Melcfobia, il sacro drago dell'acqua. Si rivela una persona piuttosto ragionevole, che si prende cura della regione.
Natsu, Wendy ed Erza sono prigionieri del trio di Dragon Eater. Lucy, Happy e Charle sono in mare alla ricerca di Gray, che era stato inaspettatamente salvato da Brandish.
Nella gilda di Fairy Tail, Touka è stata catturata e interrogata, e rivela la sua doppia natura: è una ragazza innocente, ma dentro di lei alberga qualcosa di estremamente pericoloso.
Melcfobia ha completamente perso il controllo a causa dell'influenza della maga bianca, portando distruzione, caos e sofferenza alla sua amata cittadina. Natsu e i suoi compagni, seppure a malincuore, devono soggiogarlo con la forza.
Finito lo scontro, la città di Erminia può iniziare la ricostruzione. Melcfobia è vivo, ma ha perso tutti i suoi poteri, diventando un normale essere umano, e offre a Natsu e compagnia le informazioni in suo possesso sugli altri draghi.
Natsu e i suoi compagni fanno la conoscenza della gilda a loro speculare, Fairy Nail, cosa che crea l'occasione per Gray di fare chiarezza sui propri sentimenti per Lluvia. Il gruppo riprende il viaggio verso la città di Drasil.
Natsu, Lucy Erza ed Happy riescono a sfuggire alla trappola tesa loro dalla Maga Bianca. Lluvia spiega loro che il resto della gilda è sotto il controllo mentale.
Anche i Dragon Eater di Diabolos vogliono distruggere le cinque sfere per soggiogare Aldron, creando nuove complessità e portando nuovi rivali a complicare la situazione per i protagonisti.
Natsu e compagni si ritrovano coinvolti in uno scontro con tre fronti: loro, Diabolos e i membri di Fairy Tail influenzati dal dogma del bianco. La battaglia fratricida tra membri della stessa gilda li mette in grande difficoltà.
Wendy affronta Nebal, mentre Natsu continua il suo scontro con Wraith, che ha posseduto il corpo di Makarov. Lucy raggiunge Gray e Lluvia giusto in tempo per fermare Kana.
Lucy e compagni riflettono sul modo migliore di agire, visto che Mira-Jane e i due membri di Diabolos sono degli avversari estremamente pericolosi. Elsa e Luxus si scontrano senza riserve.
Skullion decide di dare l'ordine di ritirata, con gran scorno di Kiria. Nebal si rifiuta di obbedire e decide di utilizzare la sua Dragon Force contro Wendy.
Con la rottura dell'ultima sfera, la Maga Bianca scopre di essere stata ingannata; le sue azioni non hanno sconfitto il drago, bensì lo hanno risvegliato.
Natsu sfrutta la maledizione di Ankhseram di Zeref contro Aldron, costringendo Wolfen alla ritirata. Tuttavia, gli altri guardiani di Aldron, i God Seed, si sono risvegliati.
Unendo le forze, Gray e Lluvia riescono a sconfiggere Metro. Brandish incontra il gruppo di Lucy e offre loro la sua magia per affrontare il drago colossale.
Lo scontro tra Aldron e Natsu volge finalmente al termine, la gilda dei Dragon Eater non resta con le mani in mano e designa un nuovo obiettivo: Selene, il Drago Lunare.
La gilda Fairy Tail si gode un breve momento di pausa, ma dura ben poco. Al suo risveglio, la Maga Bianca implora Touka di aiutarla a salvare il proprio mondo.
Mentre il gruppo di Natsu fa il punto della situazione con Mystogan, arriva Touka e spiega ulteriori dettagli, chiarendo del tutto la situazione.
Tre sottoposte di Selene, le "divinità della bellezza lunare", affrontano i membri sparpagliati della compagnia di Natsu, venendo inesorabilmente sconfitti.
Aquarius riesce a far tornare Lucy in sé. Il gruppo riporta alla normalità anche Wendy ed Erza, e a quel punto scende in campo Yoko con la sua parata infinita di mostri.
Natsu incontra Suzaku e i due vengono raggiunti dal resto del gruppo. Quando lo spadaccino si rende conto di avere davanti i nemici della propria gilda, attacca!
Gray riesce a sconfiggere Hakune mentre Suzaku continua il suo scontro con Selene, riuscendo inaspettatamente a sconfiggerla.
Grazie all'intervento provvidenziale dello spirito di Irene, Wendy capisce com'è possibile risvegliare il potere magico anche in presenza di Alta Face.