Uma guerreira de um futuro pós-apocalíptico viaja até 1997 para proteger um cientista de inteligência artificial que está a ser atormentado por um ciborgue indestrutível.
Em 1997, um cientista atormentado afasta-se da sua família devido a um projeto exigente. Em 2022, uma guerreira renegada luta contra um poderoso robô por dados vitais.
Eiko e o Exterminador chegam a 1997 com missões idênticas: encontrar o Dr. Malcolm Lee. Entretanto, os três filhos de Lee saem do seu apartamento.
Malcolm desabafa com Kokoro sobre o seu pesadelo recorrente. As três crianças continuam o seu percurso subterrâneo, alheias ao perigo que está à espreita.
Enquanto a desesperada Eiko tenta escapar à polícia, o passado misterioso de Misaki vem à tona. Malcolm lida com a natureza do destino.
Malcolm põe Kokoro online. Os rapazes não estão de acordo sobre os motivos de Misaki. Eiko apercebe-se de que está a entrar em território desconhecido.
A profeta debate o paradoxo das viagens no tempo com Eiko. Malcolm partilha uma memória dolorosa com Kokoro. As crianças esperam reencontrar-se na Cidade dos Gatos.
Malcolm recorda os esforços do passado para travar as máquinas e o seu desejo de criar um deus. Com Kenta como refém, o Exterminador prepara-se para a jogada final.
Kenta lida com uma escolha terrível, e o Exterminador revela uma verdade chocante, enquanto o futuro da humanidade está em jogo.