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Sono passati diciotto mesi dalla fuga di Jack Bauer. Tutto il mondo lo crede morto, tranne David Palmer, Tony, Michelle e Chloe, che lo hanno aiutato a sparire. Jack vive vicino Los Angeles sotto la falsa identità di Frank Flynn, presso Diana Huxley, la sua padrona di casa, e suo figlio Derek. Nel frattempo Palmer si trova a L.A. per fare visita a suo fratello Wayne e rimane ucciso da un colpo di arma da fuoco. Mentre il CTU cerca di raccogliere informazioni su quanto è successo, Michelle muore in seguito all'esplosione di un'auto, mentre Tony rimane ferito. Chloe viene seguita da un uomo sconosciuto, ma riesce a seminarlo e a contattare Jack per chiedergli aiuto. Anche il Presidente Logan si trova a L.A. e sta per firmare un importante trattato antiterrorismo con la Russia. La First Lady rimane sconvolta dalla morte di Palmer mentre suo marito si rifiuta di seguire i consigli del CTU che suggerisce di rimandare il summit. Jack scopre che c'è un'organizzazione che lo vuole morto e che lo ha incastrato per gli omicidi di Palmer e Michelle.