La serie se centra en dos agentes federales enviados al misterioso Almacén 13, en Dakota del Sur, donde el gobierno guarda, bajo el más absoluto secreto, todo tipo de artefactos extraños.
Cuando Paracelso toma el control del Almacén 13, se demuestra que sólo es el primer paso en su plan para crear el mundo a su imagen. Para detenerle, Pete y Myka deben seguirlo a través del tiempo a 1541 e impedirle matar a los regentes y convertirse en el cuidador permanente de los Almacenes.
Myka y Pete se encuentran con dos agentes del servicio secreto que los obligan a cuestionar su propia relación, mientras que Artie intenta mostrar Claudia la verdad sobre su hermana.
Pete y Steve buscan un artefacto que hace que un carro sin caballos y una pieza de ajedrez de tamaño natural cobren vida; Claudia combina artefactos en un intento desesperado por revivir su hermana.
Pete, Myka y Artie ayudan a la ex-novia de Pete a encontrar un objeto que les absorbe a todos en una telenovela.
Valda trata de mover el Almacén a China y utilizar a la hermana en estado de coma de Claudia como cuidadora.
El equipo de lucha con la noticia de que el Almacén 13 se trasladará a un nuevo país de acogida.